По-моему, в основном среди верховских донцов были староверы. Был монастырь на реке Чир. Были городки на Медведице. Это всё кажется при Софье разорили. В 20-м веке два предстоятеля старообрядческой церкви были родом из Усть-Медведицкого округа. Ещё один родом с Земель Войска Донского, но из крестьян, сейчас это Луганская область.
Разин использовал в своей пропаганде имя опального Никона и убил астраханского епископа, враждовавшего с Никоном. Пугачёв, напротив, скрывался в Иргизских монастырях. Там, видимо, ему и пришла идея назвать себя спасшимся Петром Третьим, популярным среди староверов. Впоследствии старообрядцы выкрали для него одно из знамён голштинской гвардии Петра Третьего.
Про черноземные губернии, к сожалению, ничего не знаю. Сейчас в Черноземье значимые общины есть в Калужской и Курской областях.